潔淨空調係統分為集中式與分散式，集中式潔淨空調係統又稱中央空調，所有空氣處理設備(風機、粗、中、高效過濾器、加熱器、冷卻器、加濕器、除濕器和製冷機組等)都集中在空調機房內，通過輸送管道將精密控製處理後的空氣分配給空氣末端裝置，送到淨化實驗室裏，以不同換氣次數和氣流形式來實現潔淨實驗室不同的潔淨級別。

這種空調係統熱源和冷源集中，對空氣的基本參數的調整易於實現，它處理空氣量大，也便於淨化參數控製，運行可靠，是目前大型集群式淨化實驗室的首選方式。

分散式潔淨室空調係統大多局限於局部實驗室需要淨化處理的情況，把單獨的空調處理係統安置在淨化實驗室或淨化實驗室的不同區域，在出風口通過各類過濾器和淨化裝置如風機過濾單元(FFU)對空氣進行淨化處理，每一個末端處理係統可以單獨對空氣參數進行調節，也可以實現對不同淨化實驗室淨化等級的控製。

潔淨實驗室中，機械儀器設備潔淨室和一般生物潔淨室都是采用正壓維持,但對於使用有毒、有害氣體或使用易燃易爆溶劑以及其他有特殊要求的潔淨實驗室則采用負壓控製。

潔淨實驗室維持一定的正壓是保證潔淨室不受或少受汙染、是維持設計潔淨度等級必不可少地條件之一。即便是負壓潔淨室，它也必須有不低於它潔淨度級別地相鄰房間或套間維持一定的正壓，負壓潔淨室的潔淨度才能得以維持。

潔淨室正壓值是指門窗全部關閉狀態下，室內靜壓大於室外靜壓的數值。它是通過淨化係統送風量大於回風量和排風量的方法來達到。不同等級的潔淨實驗室以及實驗室內潔淨區與非潔淨區之間的靜壓差，應不小於5Pa，潔淨區與室外的靜壓差，應不小於10Pa。

此外，潔淨實驗室對於風量，風速等各項指標的技術要求也都非常嚴格，因此，空調係統必須能夠滿足對其參數進行精確的控製。

淨化實驗室內的噪聲不僅會使實驗人員產生煩惱效應和困倦現象，還會對語言通訊、精密儀器和設備造成幹擾，影響工作效率和實驗進展。

潔淨實驗室的靜態噪聲來源有很多，但主要的來源還是空調通風係統和局部淨化設備運行噪聲。靜態噪聲的大小與潔淨室氣流流型、換氣次數等因素有關，但關鍵在於淨化空調係統的合理布置及合理的降噪措施。

因此低噪聲是淨化實驗室對空調通風係統的必然要求

多年以來，潔淨空調通風係統的高能耗是潔淨實驗室發展的瓶頸，資料顯示，潔淨實驗室的能耗是一般寫字樓的10倍到30倍，其能耗主要體現在空氣的處理和輸送上，在強調可持續發展的總體思路下，必須采取現實有效的節能降耗措施，逐步淘汰高能耗的落後產品，大力發展和應用體現時代科技水平的新型節能係統。

例如生物培養室：是進行微生物培養、組織培養、細胞培養等的用房。要求的環境條件相當嚴苛，包括溫濕度、光照、空氣、水分、酸堿度等及滅菌消毒等措施，這就對空調通風和空氣淨化設施和整套係統提出了更高的要求。

即使是對於普通淨化實驗室的要求，例如電子、航天航空、光電子等，對恒溫、恒濕、潔淨、無菌、防振、防輻射、防電磁幹擾等也有別於普通舒適性空調係統。另外，還有一些飼養生物實驗所需動物的房間，雖然從嚴格意義上來說不屬於實驗室，但對於實驗有著重要的意義，要有良好的殺菌滅毒功能，就淨化和對空氣環境的處理方麵對空調通風和潔淨等級有著許多特殊的指標。